O Estudo da história Brasileira antes de 1500 é feito, sobretudo, por meio da arqueologia, uma vez que os povos que ocuparam o território onde hoje se encontra o Estado Nacional brasileiro não possuíam, até onde sabemos, escrita. Estudos lingüísticos, etnológicos e históricos têm auxiliado as pesquisas arqueológicas na medida do possível. No entanto, poucos foram os autores que tentaram reconstruir essa história de forma panorâmica (e as tentativas dos arqueólogos de estabelecer uma visão geral da história Pré-Cabralina não se provaram satisfatórios). Para complicar mais a situação, ainda falta muito a ser feito em todos os níveis imagináveis de pesquisa – registros de línguas e comparações, análise de materiais escavados, relações entre sítios diversos da antiguidade e outros do período colonial, etc.
O primeiro estudioso a se indagar sobre o passado brasileiro foi o dinamarquês Peter Wilhelm Lund. Este naturalista foi responsável pelo estudo de várias reminiscências de plantas antigas nas grutas da região de Lagoa Santa (Minas Gerais), onde se fixou, entre 1834 e 1880. Em suas buscas, chegou a encontrar ossos humanos misturados a esses vestígios pré-históricos, um dos primeiros achados que contradizia a teoria da criação bíblica. Foi o primeiro a defender a antiguidade do homem americano, baseado em achados arqueológicos, embora poucos tivessem sido convencidos por suas ideias à época.
Outro achado dentro do território nacional que gerou controvérsias entre os primeiros pesquisadores foram os sítios arqueológicos dos sambaquis, montes de conchas e outros resíduos acumulados por ação humana. Foi o diretor do Museu Nacional – que junto do Museu Paulista representaria o interesse oficial diante dos fatos histórico-arqueológicos no Brasil –, Landislau Neto, que enviou as primeiras missões de relevo para pesquisarem estas regiões, cujas análises apontavam a origem arqueológica dos “montes de conchas”. Hermann Von Ihering, contudo – o diretor do Museu Paulista – primeiramente se opôs a essa visão, dizendo que os restos de conchas teriam sido formados por fenômenos naturais e intertropicais.
Entre 1880 e 1900 ocorreram as primeiras escavações na Amazônia. Descobertas extasiantes de cerâmicas marajoaras foram realizadas nesse período, e foram analisadas em 1882 pelo egiptólogo Paul l´Epine, que acreditava identificar na cerâmica indígena grafias egípcias e asiáticas. Emílio Goeldi também realizou, nesta época, pesquisas importantes no norte. O austríaco J. A. Padberg-Drenkpohl, contratado após a Primeira Guerra Mundial pelo Museu Nacional, foi outra figura importante da história da arqueologia brasileira, que escavou, entre 1926 e 1929, em Lagoa Santa. Seu objetivo era encontrar vestígios em Lagoa Santa que comprovassem os achados clássicos de Lund. Drenpohl, contudo, não foi bem sucedido em sua empresa, tendo passado a criticar os defensores da antiguidade do homem de Lagoa Santa. Em 1934, pouco depois da última expedição de Drenkpohl, Angione Costa publicou o primeiro manual de arqueologia brasileira.
Depois de 1950 a arqueologia oficial se contraiu, enquanto aumentou o número de amadores que passaram a realizar pesquisas no país. Um desses foi Guilherme Tiburtius, imigrante alemão em Curitiba, que teria realizado uma das buscas mais importantes de antiguidades indígenas pelo Brasil, coletando artefatos para sua coleção (recebida pelo Museu do Sambaqui de Joinville). Estudou o litoral catarinense e o planalto paranaense, tendo sido auxiliado pela Universidade Federal do Paraná em suas pesquisas. Harold V. Walter, cônsul inglês em Belo Horizonte, foi responsável por buscas no Estado de Minas Gerais, na região de Lagoa Santa. A despeito de ter empregado uma metodologia pouco válida para os dias atuais, contribuiu muito para a coleta de informações sobre a era pleistocênica. Ainda nessa época, foram realizados esforços substanciais no sentido de se preservar o patrimônio histórico brasileiro. Graças ao esforço de diversos intelectuais, o Instituto de Pré-Históriada USP foi criado, enquanto, alguns anos mais tarde (1961), uma nova legislação sobre o patrimônio era promulgada. Acompanhando esse avanço na questão de preservação da memória brasileira, haviam sido realizadas escavações na foz do amazonas, por Clifford Evans e Betty J. Meggers entre 1949 e 1950, descobrindo importantes artefatos cerâmicos, e em São Paulo e no Paraná entre 1954 e 1956 por Joseph Emperaire e Annette Laming – onde foram feitas as primeiras datações carbono catorze.
A história recente da arqueologia no Brasil inclui a criação da PRONAPA (Projeto Nacional de Pesquisas Arqueológicas) com o auxílio do IPHAN (Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional), que teria como objetivo realizar buscas para fornecer uma panorama mais completo do passado histórico-cultural brasileiro. Enquanto isso, instituições como o Museu Nacional, o Museu Paulista e o instituto de Pré-História realizaram pesquisas isoladas, enquanto o Museu Emílio Goeldi se lançou num projeto chamado PRONAPABA (Projeto Nacional de Pesquisas Arqueológicas na Bacia Amazônica). Vários estudos foram realizados desde então sobre os sambaquis, a pintura rupestre brasileira e a indústria lítica antiga. Em 1980 foi criada a primeira Sociedade de Arqueologia Brasileira. O ensino de arqueologia é hoje ministrado no Brasil, embora de forma limitada. a histora pré-colonial colonial ocorreu antes da chegada de Pedro Alvares Cabral ao Brasil.
